第一，机构编制工作必须以马克思列宁主义、毛泽东思想、邓小平理论、“三个代表”重要思想、科学发展观、习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，党的十九大把习近平新时代中国特色社会主义思想确立为党必须长期坚持的指导思想并写进党章，体现了党的指导思想又一次与时俱进。习近平新时代中国特色社会主义思想，是对马克思列宁主义、毛泽东思想、邓小平理论、“三个代表”重要思想、科学发展观的继承和发展，是马克思主义中国化最新成果，是党和人民实践经验和集体智慧的结晶，是中国特色社会主义理论体系的重要组成部分，是全党全国人民为实现中华民族伟大复兴而奋斗的行动指南，必须长期坚持并不断发展。机构编制工作必须以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，确保机构编制工作始终沿着正确的政治方向行稳致远。
第二，机构编制工作必须以坚持和加强党的全面领导为统领。中国共产党的领导是中国特色社会主义最本质的特征，是中国特色社会主义制度的最大优势。必须坚持党政军民学、东西南北中，党是领导一切的。坚持党的领导，最根本的是坚持党中央权威和集中统一领导。机构编制工作必须紧紧把握适应新时代中国特色社会主义发展要求，着力从制度安排上发挥党的领导这个最大的体制优势，明确各地区各部门党委（党组）在机构编制工作中的职责权限，完善相关程序机制，促进机构编制资源充分发挥效益，为党长期执政和国家长治久安提供组织保障。第三，机构编制工作必须以完善和发展中国特色社会主义制度、推进国家治理体系和治理能力现代化为导向。国家治理体系和治理能力是一个国家制度和制度执行能力的集中体现。国家治理体系是在党领导下管理国家的制度体系，包括经济、政治、文化、社会、生态文明、军事、外事和党的建设等各领域体制机制、法律法规安排，是一整套紧密相连、相互协调的国家制度；国家治理能力则是运用国家制度管理社会各方面事务的能力，包括改革发展稳定、内政外交国防、治党治国治军等各个方面。推进国家治理体系和治理能力现代化，就是要使各方面制度更加科学和完善，实现党、国家、社会各项事务治理制度化、规范化、程序化，提高党科学执政、民主执政、依法执政水平。推进国家治理体系和治理能力现代化，必须健全完善党和国家机构职能体系，确保有效治理国家和社会，实现党和国家兴旺发达、长治久安，党的十八大以来，以习近平同志为核心的党中央明确提出，全面深化改革的总目标是完善和发展中国特色社会主义制度，推进国家治理体系和治理能力现代化。当前，中国特色社会主义进入新时代，治国理政任务更加艰巨，必须围绕实现国家治理体系和治理能力现代化，统筹谋划、科学合理配置机构编制资源。第四，机构编制工作必须以推进党和国家机构职能优化协同高效为着力点。改革开放以来，我们党积极推进党和国家机构改革，各方面机构职能不断优化、逐步规范。特别是党的十八大以来，以习近平同志为核心的党中央统筹推进“五位一体”总体布局，协调推进“四个全面”战略布局，在一些重点领域和关键环节取得重大进展，取得历史性成就。针对党和国家机构设置、职能配置方面存在的一些不相适应的方面，党的十九届三中全会通过了《深化党和国家机构改革方案》，以优化协同高效为着力点，改革机构设置，优化职能配置，深化转职能、转方式、转作风，提高效率效能。可以说，“优化协同高效”深刻总结了改革开放以来历次党和国家机构改革的成功经验，抓住了机构职能体系的突出问题，为做好新时代机构编制工作指明了方向。机构编制工作事关党和国家政权建设，要始终坚持上述指导思想，完善机构设置，优化职能配置，提高效率效能，为决胜全面建成小康社会、坚持和完善中国特色社会主义、实现中华民族伟大复兴的中国梦提供有力制度和组织保障。